Historický ústav SAV, v. v. i. vznikol roku 1943 ako ústav Slovenskej akadémie vied a umení. Do Slovenskej akadémie vied sa včlenil 18.6.1953. Uznesením Predsedníctva SAV č. 725 z dňa 23.3.1982 bol s účinnosťou od 1.6.1982 premenovaný na Ústav historických vied a uznesením Predsedníctva SAV č. 39 zo dňa 22.3.1990 na Historický ústav SAV. V dodatku č. 2 zriaďovacej listiny z dňa 14.1.1999 sa konštatuje: “Historický ústav Slovenskej akadémie vied sa zriadil na dobu neurčitú ako rozpočtová organizácia Slovenskej akadémie vied”.
Z podnetu Predsedníctva SAV dynamizovať výskumné prostredie v SAV začalo na základe výsledkov konkurzu pôsobiť na HÚ SAV od 1.1.2003 centrum excelentnosti. V rámci 5. rámcového programu Marie Curie Fellowships for Doctoral Students in History sa uskutočňuje výmena doktorandov medzi šiestimi európskymi školiacimi pracoviskami.